Исторически сложилось так, что основной функцией пиратских флагов была целостная система сигналов сдерживания и нападения. Преследуя добычу, пираты обычно поднимают белый флаг, чтобы идентифицировать себя; если цель отказывалась сдаться, в качестве последнего предупреждения поднимался черно-белый флаг с черепом и скрещенными костями; если добыча продолжит сопротивляться, будет поднят красный флаг, объявляющий о беспощадной резне. Записи показывают, что черный пиратский флаг мог означать оставление добычи, а красный пиратский флаг означал безжалостность.
В наше время некоторые западные военно-морские силы поднимают пиратские флаги, когда их корабли впервые пересекают экватор, в качестве традиционной «шутки» или ритуала. В массовой культуре Веселый Роджер, как культовый символ пиратов, пропитан духом бунта и новаторства. Например, в 1983 году команда Apple Macintosh вывесила самодельный пиратский флаг с белым черепом и скрещенными костями, скрещенными ногами и красочным логотипом Apple, символизирующим «пиратский дух» и инновационную, бунтарскую культуру.
